В центре сюжета приключенческого мультфильма Лига справедливости: Парадокс источника конфликта — история непростого парня Барри Аллена, который позднее станет известен всему миру, как супергерой Флэш, обладающий способностью развивать сверхзвуковую скорость. Спустя долгие годы после убийства матери Барри все еще мучается угрызениями совести, ведь в тот роковой день он должен был прийти домой раньше. Однажды Флэш получает возможность все исправить благодаря путешествие во времени. Отправившись в прошлое он приходит домой раньше и спасает мать от гибели. Но изменив некие события прошлого Флэш с ужасом узнает, что и будущее кардинально изменилось. Теперь героем Централ-Сити является суперзлодей Капитан Холод, защитник Готэма — Бэтмен стал безжалостным, другие супергерои находятся кто где, их личности так же сильно изменились, а Лиги справедливости не существует. В этом мире суперзлодеи остаются безнаказанными и Флэшу приходится действовать. Но сможет ли он один изменить действительность?