Сюжет мультфильма Супермен: Свободный продолжает рассказывать о приключениях полюбившегося многим зрителям героя, который стоит на страже порядка и покоя всего человечества. На этот раз Супермену предстоит сразиться с коварным врагом в лице злодея Брейниака, который угрожает не Земле, а родной планете Криптон. Используя неизвестные технологии злой гений похитил столицу Криптона, город Кондор, вместо которого осталась огромная яма. Теперь Супермену необходимо разыскать и вернуть целый город с перепуганными жителями. Но на этот раз ему будет помогать кузина Супергерл по имени Кара, которая покинула Криптон несколько месяцев назад после произошедшей трагедии. Она намеревается использовать свою суперсилу, чтобы вернуть родной город, защитить родную планету, а так же поквитаться со злодеем.