Сюжет фантастического аниме «Проект Альфа» основан на комиксах создателя “Призрака в доспехах” легендарного мангака Масамунэ Сиро. Действия аниме разворачиваются в постапокалептическом мире, в котором наступила полная разруха после окончания Третьей мировой войны. В центре сюжета — молодая женщина-солдат Дюран Кнутэ и киборг Бриариус, которым посчастливилось выжить. Но окончание войны не принесли мирной жизни, а лишь привели мир к полному упадку.

Мегаполисы и крупные города разрушены, большая часть населения планеты уничтожена, а оставшимся выжившим не позавидуешь, ведь им предстоит бороться за собственные жизни. В поисках единственного города Олимп, где еще как-то удается жить людям, где еще существует надежда на будущее, странствуют по разрушенному Нью-Йорку Дюран и Бриариус. Больше всего они хотят закончить это последнее дело, просто убраться из города без всяких битв и смертей, но их путь будет не так прост.